у нас была похожая ситуация при подаче заявления на ПК, программисты умаялись,
Мы активно переписывались со службой техподдержки.
Подавать заявление необходимо во ФГИС1.0, при этом используя браузер Mozilla Firefox 49/50, более новые версии не поддерживают необходимые для работы с ЭЦП плагины. После переустановки браузера требуется повторно переустановить плагин и активировать его в браузере вручную.
Настоятельно советую обратиться программистам, я бы без них никак не разобралась. Заявление подавали в сентябре, не знаю возможно после этого что-то и поменялось