Сложности большой в написании такой программы я не вижу, главное понимать весь процесс и смочь объяснить это программистам. Цифровую подпись можно внедрить в эту программу и подписывать ей там. Самое главное ведь что бы эта программа была прописана в руководстве по качеству и удовлетворяла требованиям "Критерии аккредитации юридических лиц" и ГОСТ ИСО/МЭК 17025-2009. Просто что значит нравится комиссии или не нравится, есть же правила, по ним и надо действовать. Стоимость ЭЦП не так уж и велика в сравнении с доходами, которые приносит поверка. Может кто-то встречал готовые решения, повторюсь, я не нашел подобных, слишком уж навороченные они все и много там лишнего.