Я бы эту ситуацию оформила документом, где было бы написано как выполняются требования беспристрастности если поверку проводит руководитель (контроль со стороны менеджера по качеству и ген.директора) и свидетельства подписывает ген.директор.
У вас эксперты спросят в любом случае, так лучше иметь документ, который сможете им предъявить)