Просто по порядку, в соответствии с появлением записей в toArshinXML.xml. Берутся данные из toArshinXML.xml и находятся соответствующие данные в fromArshin.xlsx (по заводскому номеру и датам, поскольку больше информации там нет).
В файле ReadMe описано, что если у вас в toArshinXML.xml будет 100 записей, а в fromArshin.xlsx всего 10, то в результирующем файле будет 100 записей и 90 из них будет без номера записи в Аршин.
Возможна ошибка номеров в случае если у вас в один день идёт две поверки одного и того же СИ. Но только в том случае, если их порядок записи будет отличаться файлах (например в Аршин ушли сначала брак, а потом годен, а из Аршина сначала годен, потом брак, но в теории так не должно быть, если вы специально не повлияете на это)